Bekijk grafiek van relaties

Beschrijving

Centrale onderzoeksvraag/doel

Dit project heeft tot doel om de niet-doelgerichte en dus heel brede ‘High Throughput Sequencing’-techniek, die in de wereld van de diagnose opgang maakt, beschikbaar te maken voor plantenvirussen. Als eerste case richten de onderzoekers zich op Solanacea (nachtschadefamilie), waartoe aardappel, en ook tomaat, paprika en aubergine behoren. Deze teelten zijn belangrijk binnen de Vlaamse landbouwproductie, dus een brede virus-screeningstechniek daarvoor kan meteen veel impact hebben. De centrale vraag is: Welke virussen zijn aanwezig in voedings-, sier- en wilde Solanaceae in België? Via sequencing van de aangetroffen virussen verkrijgen de onderzoekers het volledige genoom. Bedoeling is om telkens te kijken of het virus reeds beschreven is, of het gekend is in België en of de aanwezigheid ervan een risico vormt voor de plantengezondheid en onze land- en tuinbouwsectoren.


Onderzoeksaanpak

 


We testen, optimaliseren en standaardiseren verschillende protocollen met behulp van ‘High Throughput Sequencing’ (HTS) om zowel gekende als niet-gekende virussen in elke staal geïdentificeerd te krijgen. We focussen in het bijzonder op het gelijktijdig analyseren van meerdere stalen. (Dat betekent dat wij in de diagnose meer informatie zullen kunnen genereren voor hetzelfde geld.) Vanuit de verkregen genetische informatie van de aangetroffen virussen voorspellen we biologische karakteristieken van het virus. Met een selectie van virussen voeren we biotoetsen uit om het waardplantenbereik te bepalen (welke plantsoorten kunnen allemaal worden aangetast door het virus?). We identificeren de vectoren van de virussen (welk insecten, welke schimmel of welk aaltje kan overbrenger spelen voor het virus, van plant naar plant?). Deze aanpak laat ons toe om conclusies te trekken over het risico voor virusschade in onze land- en tuinbouwsector.


Relevantie/Valorisatie

De wetenchappelijke relevantie is dat wij een significante bijdrage leveren aan aan de EU viroom karakterisatie, en dat het kader voor biologische karakterisatie wordt geoptimaliseerd. Dit project helpt aan beter beleid inzake risicobeheersing binnen de plantengezondheid (dat is van belang in de import en export van plantaardige producten). De onderzoekers verwachten dat er op korte termijn gevalideerde en internationaal via ringtesten geteste NGS protocollen voor aardappelvirustesten beschikbaar komen voor de Belgische diagnostische labs. Er verschijnt voor het eerst een correcte “ Lijst van virussen die Solanaceae infecteren in België”. Voor de internationale kennisuitwisseling kan dit project preliminaire biologische karakteriseringsdata voor de nieuw aangetroffen virussen aanleveren. Er wordt dus gerapporteerd aan EPPO en EU. Door solanacea als eerste plantfamilie te kiezen kan het onderzoek beleidsmatig meer gewicht in de schaal werpen.

AcroniemSEVIPLANT
StatusIn uitvoering
Effectieve start/einddatum1/10/1831/03/21

ID: 6259736