Bekijk grafiek van relaties

Beschrijving

Centrale onderzoeksvraag/doel

De detectie van plantenziekten via “high throughput sequencing” (HTS) is een relatief nieuwe en snel evoluerende discipline, met erg uiteenlopende expertise-niveau’s binnen (diagnostische) plantenziektenlabs in Europa. Vooral de bijhorende bio-informatica analyses blijken een moeilijke stap om te nemen voor veel labs. Het gebrek aan standaarden en “best practices” maakt dat velen door het bos de bomen niet meer zien. Binnen dit project willen we de samenwerking en communicatie rond bio-informatica analyses verbeteren tussen verschillende laboratoria en willen we ook het kennistekort tussen labs met weinig tot geen ervaring en labs met veel ervaring met HTS in een plantenziekten-diagnostische context verbeteren.


Onderzoeksaanpak

Onze aanpak is 4-ledig: We ontwikkelen opleidingsmateriaal om onervaren labo’s te helpen om van start te gaan. We ontwikkelen complexe artificiële datasets die kunnen gebruikt worden om analyse “pipelines” te testen, voor validatie, en om “pipelines” tussen lab te vergelijken. We dragen een deel van de kennis die opgebouwd werd binnen de virologie gemeenschap, over naar andere disciplines door de organisatie van een “community effort”. Daarbij gebruiken de labs hun RNA-seq datasets die gegenereerd werden voor de detectie van virussen, om de aanwezigheid te checken van sequenties van andere relevante organismen, zoals fytoplasma’s, bacteriën en schimmels.


4)      Communicatie verbeteren via het delen van “pipelines” in een open online platform


Relevantie/Valorisatie

De ontwikkelde opleidingsmaterialen en bijhorende referentie datasets worden naar alle waarschijnlijkheid  zeer waardevol voor zowel laboratoria met weinig ervaring als voor labs met veel ervaring, om nieuwe software te testen en om analyse “pipelines” te vergelijken. De “community effort” om niet-virale sequenties te detecteren in RNA-seq dataset voor virusdetectie leert ons of deze datasets potentieel ook andere pathogenen kunnen detecteren. Dat kan idealiter op lange termijn leiden naar een “all-in-one” detectie protocol. We verwachten daarenboven dat dit project de virologen, de bacteriologen en de mycologen meer met elkaar in contact te brengt binnen de plantenziektenwereld. Wij plannen bewust om alle zaken, ontwikkeld binnen het  project, in een open platform te plaatsen. Dat stimuleert samenwerkingen en bevordert een “open science” attitude bij onderzoekers.


Financiering
FOD Volksgezondheid, Veiligheid van de voedselketen en Leefmilieu
AcroniemPHBN
StatusIn uitvoering
Effectieve start/einddatum1/09/1928/02/22

ID: 6936190